Затем Ли отправился в Ричмонд по приглашению конвента и 23 апреля был назначен генерал-майором и главнокомандующим силами Виргинии. Следует отметить, что у Виргинии не было агрессивного, воинственного настроя по отношению к Союзу. Цитируется обращение губернатора Джона Летчера к Роберту Э. Ли непосредственно на самом конвенте: «Вчера твоя мать, Виргиния, вложила свой меч в твою руку на том подразумеваемом условии, которое, как мы знаем, ты сдержишь буквально и в духе, — что ты обнажишь его только для ее защиты и падешь с ним в руке, прежде чем цель, ради которой он был туда вложен, потерпит крах».
В течение первых трех с половиной лет Гражданской войны боевые действия происходили одновременно на двух различных театрах: на небольшой территории в северной и северо-восточной Виргинии и на западном театре в регионе, ограниченном рекой Миссисипи, рекой Камберленд и Аппалачскими горами. Большую часть войны силы Конфедерации находились в обороне. При главнокомандующем генерале Роберте Э. Ли у конфедератов было единоначалие, в то время как у сил Союза сменилось пять генералов подряд, прежде чем Улисс С. Грант был назначен верховным главнокомандующим. Многие лучшие военные умы сражались на стороне Конфедерации, и, по мнению ряда историков, лишь их выдающиеся стратегические способности и планирование против превосходящих по численности и лучше оснащенных и одетых сил противника позволили избежать завершения войны в гораздо более ранние сроки.
Главной целью федерального правительства стала четкая задача — захватить Ричмонд, столицу Конфедерации. Таким образом, первейшей целью вооруженных сил в Виргинии неизменно оставалась защита и оборона Ричмонда. В начале войны Виргиния потеряла округа Аккомак и Нортгемптон на Восточном берегу и не смогла взять под контроль федеральный Форт-Монро.
24 мая 1861 года «Огненные зуавы» (Fire Zouaves), подразделение армии США, выступили маршем из Вашингтона на Александрию — первый рубеж вторжения в Виргинию в Гражданской войне. Они заняли Александрию от имени Соединенных Штатов и не встретили организованного сопротивления, поскольку здесь не было южных войск. Виргиния не была готова к войне и не вела к ней никаких приготовлений. Единственной регулярной армией в штате на момент ее выхода из Союза была группа солдат, чьей обязанностью было охранять государственную собственность в Ричмонде. Несколько добровольческих рот сформировались в различных частях штата впервые после рейда Джона Брауна. Одной из первых неотложных задач стало обучение солдат в Виргинии и приобретение пушек и огнестрельного оружия. Следовательно, было неудивительно, что к 24 мая в Александрии не оказалось организованных сил, ожидавших федерального вторжения. Когда эти «Огненные зуавы» вошли в Александрию, они заметили флаг Конфедерации, развевающийся над крышей небольшого отеля под названием «Маршалл Хаус». Полковник Элмер Эллсворт, федеральный командир, решил заполучить этот флаг. Он вошел в отель, взбежал по лестнице на крышу и сорвал его. Он уже начал спускаться по лестнице со своим трофеем, когда на первой площадке встретил владельца отеля Джеймса В. Джексона, которому было любопытно узнать, кто это так мчался по лестнице и вламывался в его отель. Увидев флаг Конфедерации в руках федерального офицера, он выстрелил ему в грудь. Эллсворт скончался мгновенно, а Джексон был тут же убит пулями и штыками солдат Эллсворта. Это была первая кровь, пролитая в Виргинии в Гражданской войне.
1 июня 1861 года у фермы Фэрфакс-Корт-Хаус произошла стычка, в результате которой погиб капитан Джон Куинси Марр из Уоррентонских стрелков. Его смерть считается первой боевой потерей Конфедерации.
В том же месяце первое сухопутное сражения Гражданской войны развернулось вокруг и вблизи города Филиппи, расположенного в западной Виргинии (ныне в Западной Виргинии). 3 июня войска северян под командованием полковника Б. Ф. Келли столкнулись с войсками конфедератов под командованием полковника Джорджа А. Портфилда. Этот бой стал не только победой сил Союза, но и отступление конфедератов от внезапной атаки северян темной дождливой ночью оказалось крайне стремительным. Конфедераты бежали более чем на тридцать миль за один день до городка под названием Беверли, заслужив своими действиями прозвище «скачки у Филиппи».
21 июля вдоль ручья под названием Булл-Ран, близ Манассаса, примерно в двадцати пяти милях от Вашингтона, силы Союза под предводительством генерала Ирвина Макдауэлла встретились с силами Конфедерации под предводительством генерала Пьера Г. Т. Борегара. Манассас был местом ключевого железнодорожного узла, важной линии снабжения и связи. Хотя поначалу силы Союза имели успех, твердая позиция, занятая силами Конфедерации на холмах Мэтьюз-Хилл и Генри-Хилл под командованием генерала Томаса Джонатана Джексона, а также контратака сил генерала Конфедерации Джозефа Э. Джонстона привели к хаосу в армии северян и ее паническому отступлению к Вашингтону. Это было крайне неожиданное поражение для войск Севера. «Дж. Э. Б.» Стюарт служил тогда под началом Джозефа Джонстона и возглавил успешную конную атаку против пехоты федералов. Он также помог посеять беспорядок и панику в их рядах. Эта первая битва при Булл-Ране (или битва при Манассасе) стала поводом для появления знаменитого прозвища Т. Дж. Джексона: «Каменная стена» («Стоунволл»). Генерал Бернард Э. Би, уроженец Южной Каролины, командовал несколькими отрядами, охваченными паникой, и, увидев правильное линейное построение бригады Т. Дж. Джексона, как утверждается, произнес своим людям следующее: «Смотрите! Джексон со своей бригадой стоит как каменная стена. Сплотитесь за виргинцами». С тех пор Т. Дж. Джексона стали называть «Стоунволл» (Каменная Стена) Джексон. Когда войска северян приблизились к Манассасу, капитан Александер, офицер конфедератов, заметил их приближение со своего наблюдательного поста. Он передал весть об их приближении с помощью флажковой сигнализации. Считается, что это действие положило начало семафорной азбуке. Эта битва заставила Север осознать, что покорение Юга — вовсе не та легкая задача, которую они предсказывали или предполагали. Их военный лозунг «Марш на Ричмонд» превратился в военный вызов, а не в предопределенный исход.
Президент Линкольн объявил о блокаде южных портов сразу же после начала войны. Федеральная военно-морская верфь в Норфолке была захвачена конфедератами без сопротивления. В начале войны у Соединенных Штатов было всего двенадцать кораблей, но вскоре были построены новые. Конфедераты надеялись удерживать реку Джеймс открытой в любое время. Они остро нуждались в кораблях, так как у них не было собственного флота, из которого можно было бы их брать. Когда федеральные служащие покинули военно-морскую верфь в Норфолке, они затопили деревянный фрегат под названием «Мерримак». Губернатор Виргинии Летчер приказал поднять этот корабль и переоборудовать его в боеспособный, пригодный для использования фрегат. Лейтенант Джон М. Брук, Джон Л. Портер, В. П. Уильямсон и другие совместно разработали проект переоборудования судна. Наконец, корпус старого корабля был обшит сосной, дубом и железными плитами с известного металлургического завода Тредегар в Ричмонде. Он был оснащен десятью орудиями и укомплектован неопытной командой под началом бывшего командира ВМС США Франклина Бьюкенена. Этот броненосный корабль был переименован в «Виргинию» и 8 марта 1862 года направился к Хэмптон-Роудс для атаки федерального флота. Когда в него впервые попал снаряд с федерального корабля, выстрелы, к удивлению многих, отскочили от его бортов. Судно двигалось очень медленно. Сблизившись на расстояние прямой наводки, оно протаранило «Камберленд» железным тараном, в результате чего тот затонул. На следующий день, к большому удивлению экипажа, ему противостоял корабль северян «Монитор», спроектированный Джоном Эрикссоном — бронированный, меньший по размеру, более маневренный и полностью новой постройки. Корабль обменивались выстрелами, но не смогли нанести друг другу серьезного урона. С точки зрения победы, бой между «Монитором» и «Виргинией» (бывшим «Мерримаком») закончился вничью или безрезультатно. Тем не менее, он имеет важное историческое значение как первое в Соединенных Штатах сражение броненосных судов. Позже «Виргиния» была взорвана при эвакуации Норфолка конфедератами.
23 марта того же года «Стоунволл» Джексон перешел в наступление и атаковал силы северян у Кернстауна, недалеко от Винчестера. Однако, когда в одной из его бригад стал заканчиваться боезапас, он был вынужден отступить на юг. Это сражение положило начало «кампании в долине» Джексона.
Начавшаяся 5 апреля и продолжавшаяся около месяца важная осада развернулась у Йорктауна. После того как командующий силами Конфедерации Джон Б. Магрудер возвел линию укреплений поперек полуострова от реки Уорик до Йорктауна, генерал Джозеф Э. Джонстон окопался здесь со своей армией. Генерал северян Джордж Б. Макклеллан, прибывший из Форт-Монро, осаждал этот район в течение нескольких недель и наконец установил свои крупнокалиберные орудия. В ответ на это действия Джонстон отступил, поскольку не был готов к столь тяжелым боям. Во время отступления из Йорктауна силы генерала Джонстона встретились с передовым отрядом армии Макклеллана примерно в одной миле к востоку от Вильямсбурга. Джонстон был вынужден принять бой, так как не хотел допустить захвата своего обоза. Обе армии сражались доблестно, и ни одна из сторон не могла получить преимущество над другой. С наступлением темноты, после дождливого дня боев, Джонстон под покровом ночи отступил на запад в сторону Ричмонда. Двумя днями позже генерал северян В. Б. Франклин попытался перерезать путь отступающему к Ричмонду Джонстону, высадившись к югу от Уэст-Пойнта на восточном берегу реки Йорк. Однако генералу Г. В. Смиту пришел на помощь Джонстону и успешно отбросил силы Франклина обратно к реке Йорк, чтобы Джонстон мог продолжить свой путь в Ричмонд.
8 мая 1862 года «Стоунволл» Джексон решил помешать объединению сил двух генералов северян — Джона К. Фримонта и Натаниэля П. Бэнкса. Он выбрал позицию на вершине горы возле Макдауэлла, селения в округе Хайленд. Когда войска Фримонта под предводительством генерала Р. Х. Милроя прибыли на место, они бросились штурмовать склоны горы, но были атакованы конфедератами под командованием Джексона и отброшены назад на позиции для отступления.
23 мая Джексон успешно захватил город Фронт-Роял в округе Уоррен — важный стратегический пункт, который удерживали силы северян под командованием генерала Бэнкса. Это стало тяжелым ударом как для самого Бэнкса, так и для его войск, которые стремительно отступили к Винчестеру. Уникальной особенностью этого сражения было то, что среди противоборствующих сил 1-й Мэрилендский полк армии США столкнулся в бою с 1-м Мэрилендским полком армии К. Ш. А. (Конфедеративных Штатов Америки).
Двумя днями позже Джексон атаковал Бэнкса у Винчестера и застал его войска врасплох настолько, что те были выбиты из города и в панике бежали за реку Потомак. Джексон, которому Ли приказал нанести неожиданный удар по Бэнксу и создать впечатление абсолютной невозможности его соединения с Фримонтом, тщательно и скрупулезно выполнил этот приказ. Многие считают Джексона вторым по военному таланту полководцем после самого Ли.
31 мая — 1 июня 1862 года произошло сражение при Севен-Пайнс (или Фэр-Оукс). Левое крыло армии северян под командованием Макклеллана было атаковано генералом Конфедерации Джозефом Э. Джонстоном у станции Фэр-Оукс и у Севен-Пайнс, расположенных к востоку от Ричмонда. Конфедераты одержали победу у Севен-Пайнс, но были отброшены у Фэр-Оукс. Сражение при Севен-Пайнс было признано нерешительным. Генерал Джонстон в этом бою получил серьезное ранение, и командование Армией Северной Виргинии было возложено на генерала Роберта Э. Ли.
8–9 июня Джексон медленно отступал вверх по долине Шенандоа, когда решил помешать объединению сил двух генералов северян — Джона К. Фримонта и Джеймса Шилдса, сдержав Фримонта, а затем атаковав Шилдса. Он отправил часть своих войск под командованием генерала Ричарда С. Юэлла для атаки сил Фримонта при Кросс-Кейс в округе Рокингем. Генерал Юэлл нанес войскам Фримонта тяжелое поражение и полностью отрезал помощь Фримонта Шилдсу. Затем Джексон повел оставшиеся силы к северу от Порт-Рипаблика и столкнулся там с Шилдсом. Завязался ожесточенный бой. Шилдс в конце концов потерпел поражение и был отброшен вниз по долине Шенандоа. Это было последнее боестолкновение так называемой кампании в долине. Джексон проявил себя великим военачальником, сражаясь по обеим сторонам долины Шенандоа и пройдя около 700 миль за семь недель практически непрерывных боев с одной или несколькими федеральными армиями. Эта кампания включала пять крупных сражений: при Кернстауне, Макдауэлле, Фронт-Рояле, Винчестере и Порт-Рипаблике. Джексон потерпел поражение лишь при Кернстауне от генерала северян Джеймса Шилдса. После этого Джексон направился к Ричмонду, чтобы помешать генералу Макклеллану войти в город.
11 июня генерала Ли направил генерала Джеймса Юэлла Брауна («Дж. Э. Б.») Стюарта с 1200 кавалеристами и пехотинцами из Ричмонда для получения сведений в тылу врага о конкретном расположении войск Макклеллана. За три дня Стюарт и его отряд смело совершили полный рейди вокруг армии Макклеллана, добыв для генерала Ли много ценной информации. Во время выполнения этого задания погиб лишь один человек из отряда Стюарта. Опираясь на сведения, предоставленные генералом «Дж. Э. Б.» Стюартом, генерала Ли решил начать наступление своей армии 26 июня. Силы северян под командованием генерала Фиц-Джона Портера имели передовые посты близ Ричмонда, к северу от реки Чикахомини в городке Механиксвилл. Генерал Конфедерации Амброуз П. Хилл успешно занял Механиксвилл, а затем продолжил атаку на войска генерала Фиц-Джона Портера вдоль ручья Бивер-Дам, где нанес им тяжелое поражение.
С 26 июня по 2 июля происходило Семидневное сражение. Оно включало бои при Механиксвилле и Гейнс-Милл. В этих двух стычках Ли после упорных боев отбросил правое крыло армии Макклеллана под командованием генерала Портера за реку Чикахомини. У Глендейла генералы Конфедерации Джеймс Лонгстрит и Амброуз Хилл вели ожесточенные рукопашные схватки с применением прикладов ружей и штыков против арьергарда сил Макклеллана. К наступлению ночи конфедераты отступили к Малверн-Хилл. На следующий день войска под командованием Макклеллана открыли пехотный огонь, которому предшествовал артиллерийский обстрел с вершины холма. Когда отдельные отряды конфедератов пошли в атаку на крутой холм, они были буквально скошены тысячами. Ночью Макклеллан отступил к Харрисонс-Лендинг. Несмотря на эти маневры, армия Макклеллана в конце Семидневного сражения все же была вынуждена отступить, и Ричмонд, «Город семи холмов», остался под контролем Конфедерации.
9 августа, когда Джексон направлялся на встречу с генералом северян Джоном Поупом, который двинулся на юг, он неожиданно встретил генерала северян Натаниэля П. Бэнкса возле Сидар-Маунтин (позже называемой «Слотер-Маунтин»), расположенной к югу от Калпепера. Завязался ожесточенный бой, и силы под командованием Джексона были почти уничтожены, когда получили подкрепление, отбросившее войска северян. Поскольку потери в этом сражении были чрезвычайно высокими, на следующий день Джексон разрешил Бэнксу похоронить своих погибших.
30 августа войска северян предприняли вторую попытку захватить Манассас. Джексон нанес поражение генералу северян Поупу во Второй битве при Манассасе (или Второй битве при Булл-Ране), уничтожив при этом большие запасы его снабжения. Когда войска конфедератов израсходовали все имевшиеся боеприпасы, они пустили в ход камни — до тех пор, пока не подоспело подкрепление под командованием генерала Джеймса Лонгстрита. Эти солдаты заставили войска северян под началом Поупа отступить к Сентервиллу, а в конечном итоге — к Александрии.
5 сентября 1862 года генерал Ли, сочтя момент подходящим для вторжения на Север, перешел реку Потомак и вступил в Мэриленд. Приближаясь к Фредерику, солдаты пели и маршировали под песню «Мэриленд, мой Мэриленд», однако этот жест не привел к тому, что к вооруженным силам Конфедерации присоединилось большое количество жителей Мэриленда, как они надеялись. После того как Джексон успешно захватил Харперс-Ферри, Ли перевел оставшиеся войска к ручью Энтитем возле Шарпсбурга, штат Мэриленд. Завязались тяжелые бои с войсками Макклеллана, в результате которых силы конфедератов в этом районе были вынуждены вновь пересечь Потомак и вернуться в Виргинию.
13 декабря произошло сражение при Фредериксбурге между силами конфедератов под командованием генерала Ли и войсками северян под командованием генерала Амброуза Бернсайда. Бернсайд сменил генерала Макклеллана. Сам город использовался как поле боя, и многие жилые дома были полностью разрушены. Город был эвакуирован после того, как 11 декабря Бернсайд подверг его первому бомбардировочному удару. Он использовал пять понтонных мостов, чтобы переправить свои войска через реку Раппаханнок. Хотя это сражение привело к одним из самых тяжелых потерь за всю войну, Бернсайд с оставшимися силами в конце концов был отброшен обратно за Раппаханнок, причем потери северян в два раза превышали потери конфедератов.
8 марта 1863 года произошел необычный случай. В полночь группа рейдеров Конфедерации под предводительством полковника Джона С. Мосби совершила налет на окружной центр Фэрфакс, который был занят федеральными войсками. Известная своими дерзкими партизанскими действиями, эта группа рейдеров совершила смелый прорыв через линии северян и проследовала к штаб-квартире бригадного генерала северян Эдвина Х. Стоутона. Хитростью миновав стражу Стоутона среди ночи, сам Мосби быстро захватил Стоутона в качестве ценного пленного конфедератов.
30 апреля 1863 года армия северян под командованием генерала Джозефа Э. Хукера, преемника Бернсайда, вновь перешла реку Раппаханнок, на этот раз у Чанселлсвилла, примерно в десяти милях к северу от Фредериксбурга. «Стоунволл» Джексон руководил атакой на Хукера при Чанселлсвилле, и его войска уже теснили силы Хукера, когда в дело, казалось, вмешалась судьба. 2 мая «Стоунволл» Джексон выехал за пределы собственной линии фронта и возвращался в сумерках, когда его приняли за неприятеля и открыли огонь солдаты из его собственного подразделения. Он получил ранения в левое плечо, предплечье и правую руку, и на следующий день ему пришлось ампутировать левую руку. Он был смертельно ранен и скончался 10 мая. Его смерть стала огромным потрясением для армии Конфедерации. Генерал А. П. Хилл также был ранен при Чанселлсвилле. «Дж. Э. Б.» Стюарт добровольно принял командование корпусом, которым раньше командовал Джексон, и своими дерзкими действиями успешно повел его в преследование войск северян под командованием Хукера, как изначально и планировал Джексон. Атакованный с запада войсками под командованием Стюарта и с востока — силами Ли, Хукер со своей армией в конце концов был отброшен обратно за реку Раппаханнок.