В своем главном философском труде «Загадка Вселенной» Эрнст Геккель подводит итог научным достижениям XIX века, стремясь создать целостную монистическую картину мира. Автор утверждает, что все явления природы, включая психическую деятельность человека, подчиняются единому закону субстанции, объединяющему сохранение материи и энергии. Геккель последовательно проводит материалистический подход, рассматривая человека как продукт длительной биологической эволюции, происходящий от низших позвоночных и приматов. Книга содержит критический анализ традиционных религиозных представлений, которые автор считает несовместимыми с научными данными.
Геккель отвергает дуализм, доказывая, что душа является лишь совокупностью функций мозга, а не бессмертной сущностью. Особое внимание уделяется истории развития жизни, эмбриологии и сравнительной анатомии, которые служат доказательствами теории происхождения видов. Автор критикует антропоцентризм, утверждая, что человек не является венцом творения, а лишь крошечной частью бесконечной Вселенной.
В работе также рассматриваются вопросы этики, где Геккель противопоставляет монистическую мораль, основанную на естественных социальных инстинктах, христианской этике, которую он считает противоречивой и устаревшей. Книга завершается призывом к созданию новой монистической религии, основанной на поклонении истине, добру и красоте, которые автор находит в самой природе, а не в сверхъестественных откровениях. Труд Геккеля стал манифестом научного материализма и оказал огромное влияние на интеллектуальную жизнь Европы, вызвав острую полемику между сторонниками научного мировоззрения и церковными кругами.