Третья часть работы Джона Александра Логана «Великий заговор» посвящена глубокому исследованию причин и предпосылок сецессии южных штатов, приведшей к Гражданской войне в США. Автор начинает с демонстрации того, что элементы недовольства и сепаратизма существовали в американском обществе с момента основания республики. С опорой на исторические документы и свидетельства современников подробно разбираются прецеденты нуллификации, тарифные споры начала XIX века, а также искусственный перенос акцента политической борьбы с экономических противоречий на вопрос о рабстве под руководством Джона Кэлхуна и его сторонников. Логан опровергает распространенное мнение о том, что Персональные законы о свободе (Personal Liberty Bills) северных штатов или исключительно институт рабства были единственной причиной конфликта, указывая на фундаментальные разногласия по поводу протекционистских тарифов, концепции свободной торговли и природы федеративного государства.
В тексте детально описана политическая и подрывная деятельность сторонников Конфедерации как на Юге, так и среди «северянок-медведей» (медных голов) на Севере, стремившихся парализовать военные усилия федерального правительства. Значительная часть книги отведена военным событиям лета 1861 года, в частности подготовке и детальному разбору первого крупного сражения при Булл-Ране (Манассасе). Подробно освещаются ошибки командования, медлительность и просчеты генерала Патерсона в Шенандоа, позволившие войскам Джонсона соединиться с армией Борегара.
Описываются маневры федеральных сил под руководством генерала Ирвина Макдауэлла, переброска войск к Садли-Спрингс, упорные бои за плато Генри и батареи Риккетса и Гриффина, а также последующий отход федеральной армии к Вашингтону. Автор доказывает, что, несмотря на первоначальный успех федерального правого фланга и стойкость левого фланга под командованием генерала Дэвиса, отсутствие боевой дисциплины у добровольцев трехмесячного призыва и появление свежих сил противника привели к тактическому поражению Севера, превратившемуся, однако, в стратегическую ничью из-за неспособности Конфедерации развить успех. Книга завершается утверждением о том, что победа Севера в войне обеспечила не только сохранение единого государства, но и защиту свободных институтов и труда.