Трактат «Божественное право церковного управления» представляет собой фундаментальное апологическое сочинение в защиту пресвитерианской формы устройства церкви, впервые опубликованное в Лондоне в период острой борьбы между пресвитерианцами и индепендентами. Труд разделен на две части и дополнен приложениями. В первой части подробно исследуется само понятие «божественного права» (divine right) и различные способы его проявления в религии: через свет природы, обязательные библейские примеры, божественное одобрение, божественные акты и божественные заповеди (явные и подразумеваемые). Автор доказывает, что Иисус Христос через Священное Писание установил совершенную и неизменную форму правления Своей видимой Церкви под Новым Заветом.
Во второй части дается подробное описание церковного управления как духовной власти, происходящей от Христа и осуществляемой Его офицерами через проповедь, таинства и дисциплину для созидания Церкви. Автор последовательно опровергает альтернативные концепции: эрастианство, утверждающее, что власть над церковью принадлежит светскому магистрату, и сепаратизм/индепенденчество, передающие всю полноту власти общине верующих. Доказывается, что полнота церковной власти вверена исключительно поставленным Христом офицерам: проповедующим пресвитерам (пасторам и учителям), правящим старейшинам (divine right которых обосновывается отдельной главой и ссылками на послания) и диаконам.
Трактат также подробно рассматривает иерархию церковных собраний: конгрегациональные сессии (сессии общин), классические пресвитерии (окружные собрания) и синоды (провинциальные и национальные советы), доказывая божественное право их существования и подчинения высшим инстанциям по образцу Иерусалимского собора из Деяний 15. Издание 1799 года, подготовленное редактором Т. Х., содержит редакторское предисловие, направленное против религиозного индифферентизма и новшеств эпохи, а также ценные приложения с выдержками из трудов других авторов о квалификации членов церкви, праве общин избирать пасторов, аргументах д-ра Джона Оуэна в пользу правящего старейшины и подробный катехизис-резюме в виде вопросов и ответов.