После своего свержения в 1858 году Баэс находился в изгнании, но он принял испанский суверенитет и звание фельдмаршала испанской армии. С началом Войны за восстановление он отправил Кабраля присоединиться к доминиканским силам в качестве своего представителя. Теперь он жил на Кюрасао, и комиссия отправилась туда, чтобы пригласить его обратно в Санто-Доминго, в то время как совет, инаугурированный 25 октября 1865 года, взял на себя управление. Была разработана и обнародована новая конституция 14 ноября 1865 года, и в тот же день Баэс вступил в свою должность. Ни он, ни конституция не продержались долго. Поскольку конституция была слишком либеральной, он отменил ее 19 апреля 1866 года, и вместо нее была принята конституция Сантаны от 16 декабря 1854 года. Это действие стало предлогом для восстания, которое вспыхнуло в Сантьяго 1 мая 1866 года под руководством Пиментеля в сочетании с Кабралем и быстро приняло такие угрожающие масштабы, что Баэс счел благоразумным уйти в отставку до конца месяца и удалиться на Кюрасао.
Как обычно, было созвано конституционное собрание, и 26 сентября 1866 года была обнародована новая конституция. Были проведены выборы, и Кабраль был избран президентом практически единогласным голосованием. Тем не менее его правительство едва ли имело хоть один день мира от восстаний. Оно, однако, нашло время возобновить дружественные отношения с Испанией, заключить торговый договор с Соединенными Штатами и основать профессиональный институт. Планировались и другие отношения с Соединенными Штатами; поскольку Испания и Франция были исключены из идеи аннексии, а Соединенные Штаты отменили рабство, эта страна рассматривалась с большей симпатией. Стоимость военных операций правительства была такова, что была предпринята решительная попытка сдать залив Самана в аренду Соединенным Штатам за два миллиона долларов; но поскольку полный контроль не был предложен, план провалился. Позже в Вашингтон был отправлен специальный уполномоченный для переговоров об абсолютной аренде полуострова Самана и залива Самана, которые стали прелюдией к более поздним переговорам об аннексии, но они были прерваны революцией в пользу Баэса, которая вспыхнула в Монте-Кристи 7 октября 1867 года и свергла Кабраля 31 января 1868 года. Совет генералов управлял делами, пока Баэс не взял на себя руководство в четвертый раз 4 мая 1868 года.
В соответствии с установившейся практикой существующая конституция была отменена, а любимая конституция Баэса, от декабря 1854 года, введена в действие, но с поправками. Баэс затем начал править твердой рукой, и хотя его время от времени беспокоили небольшие восстания на гаитянской границе, подогреваемые Кабралем, Лупероном и другими беспокойными духами, ему удалось удержаться у власти почти весь свой шестилетний срок. Он смог реализовать то, что было золотой мечтой администраций с момента рождения Республики — заключение иностранного займа. Hartmont & Co., фирма лондонских банкиров, согласилась выпустить облигации Республики на сумму 757 700 фунтов стерлингов, хотя и по грабительскому курсу, и фактически выплатила 38 095 фунтов стерлингов. Мечта превратилась в кошмар, ибо когда правительство аннулировало контракт на основании невыполнения условий, банкиры продолжали выпускать облигации и оставляли выручку себе; и облигации, выпущенные таким образом мошенническим путем, составили ядро огромного долга, который позже привел к американской интервенции.
Хотя Баэс по политическим причинам протестовал против переговоров Кабраля с Соединенными Штатами, он был слишком проницательным государственным деятелем, чтобы не признать ценность американской защиты. Теперь настала очередь Кабраля предаваться тирадам, полным патриотического негодования, ибо Баэс активно вел переговоры об аннексии страны Соединенными Штатами. 29 ноября 1869 года в городе Санто-Доминго представителями американского и доминиканского правительств были подписаны два договора: по одному полуостров Самана и залив Самана сдавались в аренду Соединенным Штатам на пятьдесят лет с ежегодной арендной платой в 150 000 долларов, а по другому Доминиканская Республика аннексировалась Соединенными Штатами. Баэс вынес договор об аннексии на плебисцит в своей стране в феврале 1870 года, и подавляющее большинство голосов было подано в его пользу. Хотя противники договора не осмеливались активно выступать против него внутри страны, вероятно, что голосование отражало истинные настроения доминиканского народа, ибо, помимо очевидных экономических преимуществ аннексии, влияние Баэса было таково, что люди были готовы слепо следовать всему, что он советовал. Оба договора истекли, но договор об аннексии был возобновлен, и президент Грант в своих посланиях к Конгрессу настоятельно призывал к его принятию. В Сенате Соединенных Штатов возникло мощное сопротивление во главе с сенатором Самнером, и договор не был ратифицирован. Резолюцией Конгресса, одобренной 12 января 1871 года, президент Соединенных Штатов был уполномочен направить комиссию по расследованию в Санто-Доминго. Президент Грант назначил трех выдающихся людей: Бенджамина Ф. Уэйда, Эндрю Д. Уайта и Сэмюэля Г. Хау, которым помогали Фредерик Дуглас, генерал-майор Франц Зигель и ряд ученых. Комиссия направилась в Санто-Доминго, проехала по стране в нескольких направлениях и составила обширный отчет, который до сих пор является важным источником информации о характеристиках острова. Отчет комиссии был передан в Конгресс, и президент Грант выступил с еще одним искренним призывом к аннексии Санто-Доминго. Конгресс, однако, не предпринял дальнейших действий, и Соединенные Штаты таким образом сознательно отвергли возможность получить контроль над важнейшей стратегической позицией и обеспечить мир и процветание доминиканскому народу.
Интересно поразмышлять о том, каким было бы будущее Санто-Доминго, если бы аннексия состоялась. Мощь Соединенных Штатов поддерживала бы мир; спасительные законы обучили бы народ самоуправлению; либеральные тарифные уступки стимулировали бы сельское хозяйство и промышленность; приток хорошего контингента иммигрантов развил бы и заселил внутренние районы; честное управление обеспечило бы дороги и школы, и вскоре страна достигла бы высокой степени развития и процветания. Неспособность Соединенных Штатов протянуть руку помощи обрекла Санто-Доминго на долгие годы анархии и диктатур.
Когда стало очевидно, что из планов аннексии ничего не выйдет, администрация Баэса 28 декабря 1872 года сдала полуостров Самана в аренду американской корпорации «Samana Bay Company» на девяносто девять лет с ежегодной арендной платой в 150 000 долларов. Компания, которая намеревалась основать большой город на заливе Самана, фактически выплатила сумму в 147 229,91 доллара, большую часть золотом, а остальное оружием и боеприпасами. Этот платеж, вместе с тем, что был получен в счет облигаций Hartmont, и с более высокими таможенными поступлениями благодаря спокойным условиям, принес облегчение казне; в то время как мир принес стране процветание, еще более возросшее благодаря иммиграции многочисленных кубинцев, изгнанных из своих домов десятилетней войной, начавшейся в 1869 году.
Президент Баэс не терял надежды на окончательную реализацию аннексии, и он также намеревался переизбраться на еще один шестилетний срок. Эти обстоятельства были использованы против него его амбициозными врагами, и 25 ноября 1873 года в Пуэрто-Плате вспыхнула революция, которая распространилась так быстро, что Баэс был вынужден капитулировать 31 декабря того же года. Новое поколение, выросшее со времени независимости страны и привыкшее смотреть на гражданские беспорядки как на нормальное состояние, теперь пришло к власти, и вопрос о внешней аннексии перестал быть актуальным.
Последовал период постоянного революционного брожения и частых изменений конституции с утомительной чередой военных президентов. Генерал Игнасио Мария Гонсалес стал временным президентом в 1874 году, воспользовался невыплатой аннуитета компанией Samana Bay Company, чтобы расторгнуть контракт с компанией, созвал национальное собрание, которое сформулировало конституцию от 24 марта 1874 года, и добился своего избрания президентом, вступив в должность 6 апреля того же года. Поскольку конституция его не устраивала, он созвал новое национальное собрание и обнародовал еще одну конституцию 9 марта 1875 года. Это было слишком даже для Санто-Доминго, и его враги сформировали мощную лигу в Сантьяго с целью добиться его импичмента, но Конгресс отклонил обвинения. Очередная гражданская война была неизбежна, когда Гонсалес ушел в отставку 23 февраля 1876 года.
Совет министров взял на себя управление правительством и провел выборы, на которых Улисес Ф. Эспайят был назначен президентом. Он вступил в должность 29 апреля 1876 года, и, будучи прекрасным человеком, он проявил бы себя с лучшей стороны в других условиях; но генерал Гонсалес начал революцию на гаитянской границе, и 5 октября 1876 года Эспайят был свергнут. Был сформирован высший правительственный совет, который назначил генерала Гонсалеса президентом в начале ноября 1876 года. Гонсалес находился у власти всего один месяц, когда был свергнут в декабре 1876 года революцией, зародившейся в Сибао, и генерал Буэнавентура Баэс стал президентом в пятый раз. Таким образом, в 1876 году в Республике было четыре президента: Гонсалес дважды, Эспайят и Баэс. Баэс созвал конституционное собрание, и была обнародована конституция от 14 мая 1877 года. Под влиянием молодого поколения он был менее автократичен, чем в своих предыдущих администрациях, но, возможно, именно по этой причине весь его срок был одной затяжной борьбой с восстаниями, пока он не был вынужден сдаться 24 февраля 1878 года. Он удалился в Пуэрто-Рико и умер недалеко от Маягуэса в 1884 году. Теперь были установлены два правительства: генерал Игнасио Мария Гонсалес был провозглашен президентом в Сибао, а генерал Сесарео Гильермо — в Санто-Доминго. 13 апреля 1878 года они достигли соглашения, и Гильермо стал временным президентом всей страны. Конституция 1877 года была провозглашена вновь с поправками, были проведены выборы, и генерал Гонсалес был объявлен конституционным президентом, вступив в должность 6 июля 1878 года. Гильермо немедленно начал революцию вместе с генералом Улисесом Эро и вынудил Гонсалеса отречься от престола 2 сентября 1878 года. Это был конец метеорных президентских полетов Гонсалеса, но после периода отставки он снова рискнул заняться общественной жизнью и в течение многих лет был доминиканским посланником на Гаити.
Хасинто де Кастро, председатель верховного суда, исполнял обязанности президента до 29 сентября 1878 года, когда его сменил совет министров, главой которого был Гильермо. Конституция 1878 года была обнародована с поправками 11 февраля 1879 года, и 28 февраля Гильермо, пройдя через формальность выборов, стал конституционным президентом. Он продержался недолго. 6 октября 1879 года в Пуэрто-Плате вспыхнула революция, и было сформировано временное правительство под председательством генерала Грегорио Луперона, умного негра, который был заключен в тюрьму за кражу при испанском правлении, но искупил свою вину выдающимися заслугами в Войне за восстановление. Гильермо сопротивлялся два месяца, но был вынужден сдаться 6 декабря 1879 года.
Луперон не отступил от обычного обычая, а созвал конституционное собрание, которое в 1880 году приняло с поправками конституцию 1879 года и установило президентский срок в два года. Затем Луперон провел выборы и передал президентство на два года, начиная с 1 сентября 1880 года, одному из своих сторонников, отцу Фернандо де Мерино, красноречивому священнику, который принимал активное участие в политике с юности и который позже стал архиепископом Санто-Доминго. Преподобный джентльмен подавлял все революционные восстания с бескомпромиссной суровостью и не стеснялся казнить заговорщиков, попадавших в его руки.
Во время администрации Мерино генерал Улисес Эро служил министром внутренних дел и начал обладать властью, которую он должен был удерживать в течение двадцати лет. Эро родился в Пуэрто-Плате около 1846 года. Оба его родителя были неграми, отец — гаитянин, который ходил в море, а впоследствии стал торговцем, а мать — женщина с острова Сент-Томас. Он получил коммерческое образование и принимал участие в качестве подчиненного в Войне за восстановление против испанцев. После ухода испанцев в 1865 году он стал бандитом на гаитянской границе и практиковал кражу лошадей в больших масштабах. Позже он получил должность на таможне Пуэрто-Платы и принимал все более заметное участие в гражданских беспорядках своей страны, пока не стал хорошо известен как политик и революционер. Он отличился своей храбростью и был много раз ранен. На протяжении всех этих гражданских войн он оставался стойким последователем генерала Луперона, преемника Сантаны на посту лидера «Синей» партии и непримиримого противника генерала Буэнавентуры Баэса, главы «Красных», и генерала Игнасио Марии Гонсалеса, лидера «Зеленых». Когда генерал Луперон сверг президента Сесарео Гильермо в 1879 году, Эро был тесно связан с революционным движением.
Эро смог укрепиться до такой степени, что когда в 1882 году Луперон решил сам стать президентом, он обнаружил, что его бывший последователь перерос его в силе. Результатом стало то, что Эро стал президентом и прослужил с 1 сентября 1882 года по 1 сентября 1884 года. Когда его срок истек, последовала ожесточенная борьба с Лупероном, который все еще сохранял значительное влияние. Кандидатом Луперона был Сегундо Имберт, в то время как Эро поддерживал генерала Франсиско Грегорио Биллини, который в конечном итоге одержал победу. Луперон отправился в изгнание, но позже примирился с Эро и вернулся, чтобы умереть в Санто-Доминго.
Биллини вступил в должность президента 1 сентября 1884 года, но стал тяготиться требованиями Эро и его друзей и ушел в отставку 15 мая 1885 года. Вице-президент Алехандро Восс-и-Хиль вступил в должность главы государства. Его срок должен был истечь в сентябре следующего года, но в июле 1886 года вспыхнуло грозное восстание под руководством генерала Казимиро Н. де Мойя с целью помешать Эро осуществить свой замысел сменить Хиля. После шести месяцев боев, в ходе которых число жертв было, к счастью, удивительно малым, Эро одержал победу и, добившись своего переизбрания, возобновил президентство 6 января 1887 года, до которого времени Восс-и-Хиль оставался в должности.
Двухгодичные выборы были источником раздражения даже для того, кто был уверен в победе, и поэтому Эро созвал конституционный конвент, который внес поправки в действовавшую тогда конституцию и продлил президентский срок до четырех лет, начиная с 1889 года. Поскольку генерал Сесарео Гильермо, бывший соратник Эро по оружию, а позднее его противник, как полагали, вынашивал президентские амбиции, Эро попытался его арестовать. Гильермо бежал, но, оказавшись в безвыходном положении, покончил с собой. Никаких дальнейших препятствий для избрания Эро не осталось, и 27 февраля 1889 года он вновь вступил в должность.
Тем временем велись переговоры о заключении новых иностранных займов, один из которых был размещен в 1888 году, а другой — в 1892 году. Финансовым агентом правительства, который обеспечил получение этих займов в Европе, был генерал Эухенио Хенеросо Марчена, человек, обладавший большим влиянием. В 1892 году генерал Марчена объявил себя кандидатом в президенты. Эро победил без труда, но, все еще испытывая беспокойство, арестовал Марчену в Санто-Доминго, продержал его в тюрьме год, а затем отправил в Асуа, где тот был расстрелян.
В течение нового срока Эро, начавшегося в 1893 году, страна из-за необдуманного выпуска облигаций и заключения долговых обязательств быстрыми темпами приближалась к банкротству. В 1893 году американская корпорация «Сан-Доминго Импрувмент Компани» по контракту с правительством взяла на себя сбор таможенных пошлин с целью обеспечения обслуживания займов. Незаконное тюремное заключение нескольких французов вызвало трения с французским правительством, и в 1894 году французский флот появился у Санто-Доминго, однако дело было урегулировано выплатой компенсации. Поскольку конституция 1889 года запрещала президенту занимать должность более двух сроков подряд, Эро, желая остаться на посту президента, устранил это препятствие простым способом: в 1896 году он обнародовал новую конституцию, в которой данное ограничение было снято. В 1896 году он был единогласно объявлен избранным и 27 февраля 1897 года начал свой последний срок.
Длительный период относительного мира, которым страна наслаждалась под властью президента Улисеса Эро, или «Лилиса», как в народе называли диктатора, принес кажущийся прогресс и процветание, хотя и ценой больших жертв. Многих своих противников Эро удавалось подкупить, и таким образом он сохранял лояльность сотен мелких военных начальников, разбросанных по всей стране. Тех, кого он не мог подкупить, он преследовал, сажал в тюрьму, изгонял или казнил. Обладая приятными и обходительными манерами, он был неумолим в преследовании заговорщиков, и ходит много историй о его жестокости в этом отношении. Рассказывают, что, будучи министром внутренних дел при Мерино, он обнаружил, что его зять замешан в заговоре; поэтому он пригласил его на обед и после того, как они поели, спросил, понравилась ли гостю трапеза. «Очень», — последовал ответ. «Я рад этому, — сказал Эро, — потому что собираюсь вас расстрелять. Возьмите сигару, — добавил он любезно, — это ваша последняя». Так оно и вышло, ибо казнь последовала немедленно. По другой истории, уже после того, как он стал президентом, видный генерал был его гостем, и после обеда они отправились на прогулку. Подойдя к месту в пригороде, где рабочие рыли странную траншею, генерал спросил: «Что они здесь копают?» «Они копают вам могилу», — ответил Эро, и прежде чем генерал успел оправиться от изумления, появился отряд солдат. Его расстреляли и похоронили на месте. Губернатор Макориса и военный министр были влиятельными людьми, чьего влияния Эро опасался. Поэтому он хитро настроил последнего против первого до такой степени, что однажды прекрасным утром министр внезапно появился в Макорисе и приказал немедленно расстрелять губернатора. Друзья губернатора подняли шум, и Эро, изобразив возмущение этим актом, казнил военного министра. Многие из его заключенных таинственно исчезали, и народная молва указывает на одну из нижних площадок форта «Ла-Фуэрса», где раньше росло дерево авокадо, как на место, где заключенных расстреливали по ночам, а их тела бросали акулам у подножия утеса. Некоторые из подозреваемых диктатором лиц были убиты прямо на улицах. Даже изгнанники не были застрахованы от его гнева, и в одном случае доминиканский писатель по имени Эухенио Дешам, публиковавший статьи против него в Пуэрто-Рико, был тяжело ранен на улицах Понсе пулей наемного убийцы.