В книге «Иммунитет при инфекционных заболеваниях» Илья Мечников подводит итог своим многолетним исследованиям, посвященным защитным механизмам живых организмов. Автор подробно рассматривает проблему иммунитета не только как медицинскую задачу, но и как фундаментальное биологическое явление, присущее всем уровням жизни — от одноклеточных организмов до высших млекопитающих. Мечников последовательно излагает свою фагоцитарную теорию, согласно которой основой естественного иммунитета является способность специализированных клеток (фагоцитов) поглощать и переваривать патогенные микроорганизмы. В первой части работы автор анализирует иммунитет у низших организмов, описывая процессы внутриклеточного пищеварения у простейших и роль раздражимости протоплазмы в защитных реакциях.
Далее рассматриваются механизмы защиты у многоклеточных растений и животных. Мечников подчеркивает, что иммунитет против инфекций и невосприимчивость к микробным токсинам — это два различных свойства организма. Он опровергает теорию о том, что невосприимчивость к болезням объясняется лишь отсутствием в организме условий для размножения паразитов или их выведением через выделительные каналы.
Напротив, автор доказывает, что микробы уничтожаются путем резорбции фагоцитами. Книга содержит детальный анализ процессов воспаления, роли различных типов фагоцитов (макрофагов и микрофагов) и их способности адаптироваться к токсическим воздействиям. Мечников также затрагивает вопросы приобретенного иммунитета, рассматривая его как результат адаптации организма и его клеточных элементов к патогенным агентам. Автор критически анализирует альтернативные теории, в частности гуморальную теорию, и настаивает на том, что именно клеточная активность является первичным и наиболее важным фактором защиты. Работа является классическим трудом, заложившим основы современной иммунологии и клеточной патологии.