Второй том «Тайной Доктрины» под названием «Антропогенезис» представляет собой глубокое эзотерическое исследование происхождения человечества, выходящее далеко за рамки общепринятых научных теорий. Блаватская опирается на древние «Станцы Дзиан» и комментарии к ним, утверждая, что эволюция человека — это не случайный биологический процесс, а закономерный космический цикл, управляемый высшими разумными силами, известными как Дхьян-Чоханы или Питри. Автор подробно описывает семь стадий эволюции человечества, разделенных на Коренные Расы, каждая из которых проходила через свои циклы развития, катастрофы и трансформации. Книга затрагивает темы существования древних континентов, таких как Лемурия и Атлантида, объясняя их гибель как результат кармических процессов и смены геологических эпох.
Особое внимание уделяется метафизическому «падению» ангельских сущностей в материю, что в эзотерическом понимании является не грехопадением, а необходимым актом самопожертвования для наделения человечества разумом (Манасом) и самосознанием. Блаватская критикует материалистический дарвинизм, утверждая, что человек не произошел от обезьяны, а, напротив, антропоиды являются деградировавшими потомками ранних человеческих форм. Текст изобилует ссылками на древние мифологии — от индуистских Пуран до каббалистических текстов, — демонстрируя их единство в описании космогонических процессов. Автор подчеркивает, что физическая эволюция человека неразрывно связана с его духовным развитием, а история Земли — это лишь малая часть бесконечного процесса развертывания Вселенной из Единого Источника.