Книга Джеймса Джонстона «Философия биологии» (1913) представляет собой глубокое философское осмысление биологической науки того времени. Автор начинает с критики чисто механистического взгляда на живые организмы, который доминировал в физиологии под влиянием успехов физики и химии XIX века. Джонстон утверждает, что, хотя методы физики и химии позволяют анализировать отдельные процессы в организме, они не способны объяснить жизнь как целостное явление. Он опирается на идеи Анри Бергсона и Ганса Дриша, вводя понятия «жизненного порыва» (élan vital) и «энтелехии» как направляющих начал, которые координируют физико-химические процессы в организме.
Автор подробно разбирает концепцию организма как «интенсивной множественности», противопоставляя её «экстенсивной множественности» неживой материи. В книге рассматриваются вопросы эволюции, наследственности и индивидуальности. Джонстон ставит под сомнение достаточность теории естественного отбора как единственного объяснения эволюции, указывая на математическую невероятность случайного возникновения сложных координированных структур.
Он подчеркивает, что эволюция — это не просто перегруппировка материальных частиц, а развертывание внутренней организации. Особое внимание уделяется различию между растительным и животным метаболизмом: если растения накапливают потенциальную энергию, то животные направляют её на целесообразную мобильность. Книга завершается обсуждением природы «энтелехии» как неэнергетического, нематериального фактора, который управляет биологическими процессами, не нарушая законов термодинамики, но направляя их. Джонстон призывает к пересмотру биологических методов, настаивая на том, что жизнь требует признания автономности биологических законов, которые не сводятся к законам неживой природы.