В «Манифесте атеиста» Джозеф Льюис излагает радикальную критику религии, утверждая, что вера в Бога является главным препятствием на пути интеллектуального и социального развития человечества. Автор доказывает, что религия порождает страх, суеверия и страдания, подменяя реальные знания иллюзиями. Льюис противопоставляет религиозному мировоззрению ценности гуманизма, науки и рационализма. Он подробно анализирует, как отказ от теологических догм позволил человечеству совершить прорывы в медицине, технике и общественном устройстве.
Автор настаивает на том, что человек не является «падшим ангелом», а представляет собой продукт эволюции, способный самостоятельно решать свои проблемы без обращения к мифическим божествам. Книга призывает к полной секуляризации общества, отделению церкви от государства и принятию ответственности за собственную жизнь и благополучие ближнего. Льюис утверждает, что истинная свобода возможна лишь тогда, когда человек перестает быть рабом страха перед Богом и начинает жить ради счастья в реальном мире.